Maka mereka mengundi sekali lagi dan akhirnya Nabi Yunus tahu bahwa ia adalah kehendak Allah. Nabi Yunus memikirkan kesalahannya karena meninggalkan Niwana tanpa mendapat persetujuan Allah. Ia berfikir keputusan undi itu adalah disebabkan untuk menebus dosa yang telah dilakukannya. Nabi Yunus beristikharah, tanpa ragu-ragu Nabi Yunus terjun ke dalam laut yang sedang bergelombang ganas.
Ketika Nabi Yunus sedang berlawan dengan gelombang, maka Allah S.W.T mengarahkan seekor ikan nun (yu) supaya menelan Nabi Yunus hidup- hidup, maka ikan nun yang muncul itu pun menelan Nabi Yunus dan menyimpannya dalam perut tanpa ada cacat-celanya. Ketika Nani Yunus berada dalam perut ikan nun dia berdoa kepada Allah supaya mengampuni dosa yang telah dilakukan. Lalu Nabi Yunus membaca doa: "Tidak ada Tuhan yang benar di sembah hanya Engkau ya Allah, mahasuci Engkau aku adalah orang yang membuat zalim atas diriku."
Maka Allah perkenankan permintaannya dan Allah lepaskan dia daripada kedukaan. Demikianlah Allah selamatkan orang yang beriman. Rasulullah bersabda maksudnya:
"Nama tuhan yang mulia, siapa yang berdoa dengan nama itu akan diperkenankan doanya. Siapa yang meminta dengan nama itu, akan diberi apa yang diucapkan oleh Nabi Yunus dalam perut ikan nun." Firman Allah bermaksud "Jika tidak karena dia (Nabi Yunus) daripada orang yang selalu mengucapkan tasbih, niscaya tidaklah ia dapat keluar dari perut ikan sampai hari kiamat."
Setelah beberapa lama Nabi Yunus berada dalam perut ikan nun, maka Allah pun melemparkan Nabi Yunus ke darat. Di tempat Nabi Yunus dilemparkan Allah menghidupkan pokok labu yang dapat Nabi Yunus bernaung di bawahnya dan dapat pula ia makan buat tersebut dan kembali segar. Ketika Nabi Yunus dilemparkan ke darat keadaannya amat letih.
Setelah Nabi Yunus berasa segar kembali maka Allah telah memerintahkannya supaya kembali ke Niwana. Nabi Yunus terkejut karena penduduk sedang menanti kepulangannya. Penduduk tersebut meminta Nabi Yunus mengajar untuk menyempurnakan akidah dan imam mereka. Nabi Yunus berasa heran karena penduduk Niwana dahulunya terdiri daripada orang yang ingkar dengan perintah Allah tetapi kini hidup dan mati mereka semata-mata karena Allah.
