Nabi Yunus mengetahui bahwa ini adalah tradisi dari tradisi-tradisi yang biasa dilakukan oleh awak perahu jika mereka menghadapi angin yang keras. Tetapi saat itu beliau terpaksa harus meng-ikutinya. Episode penderitaan Nabi Yunus akan dimulai. Beliau adalah seorang Nabi yang mulia tetapi harus tunduk pada hukum ala berhala yang menganggap bahwa lautan mempunyai tuhan. Dengan kepercayaan itu, mereka meyakini bahwa bertiupnya angin yang kencang akibat murka dari tuhan. Oleh karena itu, harus diadakan upaya untuk menenangkan dan memuaskan tuhan-tuhan yang mereka yakini itu. Nabi Yunus pun terpaksa mengikuti undian itu. Nama beliau dimasukkan bersama dengan nama penumpang lainya, dan dilakukanlah undian. Yang keluar justru namanya. Lalu diadakan undian yang kedua, dan kali ini pun yang keluar nama Nabi Yunus. Akhirnya, diadakan undian yang ketiga. Lagi-lagi yang keluar nama Nabi Yunus. Kemudian ditetapkan bahwa Nabi Yunus harus dibuang ke lautan. Saat itu para awak penumpang memperhatikan Nabi Yunus. Nabi Yunus mengetahui bahwa beliau berbuat kesalahan ketika meninggalkan kaumnya dalam keadaan marah. Nabi Yunus mengira bahwa Allah S.W.T tidak akan menurunkan hukuman padanya. Namun ia dianggap salah karena meninggalkan kaumnya tanpa izin-Nya. Allah S.W.T memberikan pelajaran kepadanya.
Nabi Yunus berdiri di samping perahu dan melihat lautan yang dipenuhi dengan ombak yang mengerikan. Dunia saat itu gelap dan di sana tidak ada cahaya bulan. Bintang-bintang bersembunyi di balik kegelapan. Warna air tampak gelap dan hawa dingin menembus tulang. Alhasil, air menutupi segala sesuatu. Kemudian nahkoda perahu berteriak: "Lompatlah wahai musafir yang misterius." Tiupan angin semakin kencang. Nabi Yunus berusaha menjaga keseimbangannya, dan beliau menampakkan keberaniannya saat ingin terjun ke lautan. Nabi Yunus pun terjun dan berada di permukaan lautan laksana sampang yang mengambang. Ikan paus berada di depannya. Ikan itu mulai
tersenyum karena Allah S.W.T telah mengirim padanya makanan malam. Kemudian ikan itu menangkap Nabi Yunus di tengah-tengah ombak. Kemudian ikan itu kembali ke dasar lautan. Ikan itu kembali dalam keadaaan puas setelah memenuhi perutnya.
Nabi Yunus sangat terkejut ketika mendapati dirinya dalam perut ikan. Ikan itu membawanya ke dasar lautan dan lautan membawanya ke kegelapan malam. Tiga kegelapan: kegelapan di dalam perut ikan, kegelapan di dasar lautan, dan kegelapan malam. Nabi Yunus merasakan bahwa dirinya telah mati. Beliau mencoba menggerakan panca inderanya dan anggota tubuhnya masih bergerak. Kalau begitu, beliau masih hidup. Beliau terpenjara dalam tiga kegelapan.
Yunus mulai menangis dan bertasbih kepada Allah. Beliau mulai melakukan perjalanan menuju Allah saat beliau terpenjara di dalam tiga kegelapan. Hatinya mulai bergerak untuk bertasbih kepada Allah, dan lisannya pun mulai mengikutinya. Beliau mengatakan: "Tiada Tuhan selain Engkau ya Allah. Wahai Yang Maha Suci. Sesungguhnya aku termasuk orang yang menganiaya diri sendiri." (QS. Hud: 87)
Ketika terpenjara di perut ikan, beliau tetap bertasbih kepada Allah S.W.T. Ikan itu sendiri tampak kelelahan saat harus berenang cukup jauh. Kemudian ikan itu tertidur di dasar lautan. Sementara itu, Nabi Yunus masih bertasbih kepada Allah S.W.T. Beliau tidak henti-hentinya bertasbih dan tidak henti-hentinya menangis. Beliau tidak makan, tidak minum, dan tidak bergerak. Beliau berpuasa dan berbuka dengan tasbih. Ikan- ikan yang lain dan tumbuh-tumbuhan dan semua makhluk yang hidup di dasar lautan mendengar tasbih Nabi Yunus. Tasbih itu berasal dari perut ikan paus ini. Kemudian semua makhluk-makhluk itu berkumpul di sekitar ikan paus itu dan mereka pun ikut bertasbih kepada Allah S.W.T. Setiap dari mereka bertasbih dengan caranya dan bahasanya sendiri.
Ikan paus yang memakan Nabi Yunus itu terbangun dan mendengar suara- suara tasbih begitu riuh dan gemuruh. Ia menyaksikan di dasar lautan terjadi suatu perayaan besar yang dihadiri oleh ikan-ikan dan hewan- hewan lainya, bahkan batu-batuan dan pasir semuanya bertasbih kepada Allah S.W.T dan ia pun tidak ketinggalan ikut serta bersama mereka bertasbih kepada Allah S.W.T. Dan ia mulai menyadari bahwa ia sedang menelan seorang Nabi. Ikan paus itu merasakan ketakutan tetapi ia berkata dalam dirinya mengapa aku takut? Bukankah Allah S.W.T yang memerintahkan aku untuk memakannya. Nabi Yunus
tetap tinggal di perut ikan selama beberapa waktu yang kita tidak mengetahui batasannya. Selama itu juga beliau selalu memenuhi hatinya dengan bertasbih kepada Allah S.W.T dan selalu menampakkan penyesalan dan menangis: "Tiada Tuhan selain Engkau ya Allah Yang Maha Suci. Sesungguhnya aku termasuk orang yang menganiaya diri sendiri." Allah S.W.T melihat ketulusan taubat Nabi Yunus. Allah S.W.T mendengar tasbihnya di dalam perut ikan. Kemudian Allah
S.W.T menurunkan perintah kepada ikan itu agar mengeluarkan Yunus ke permukaan laut dan membuangnya di suatu pulau yang ditentukan oleh Allah S.W.T.
Ikan itu pun menaati perintah Ilahi. Tubuh Nabi Yunus merasakan kepanasan di perut ikan. Beliau tampak sakit, lalu matahari bersinar dan menyentuh badannya yang kepanasan itu. Beliau berteriak karena tidak kuatnya menahan rasa sakit namun beliau mampu menahan diri dan kembali bertasbih. Kemudian Allah S.W.T menumbuhkan pohon Yaqthin, yaitu pohon yang daun-daunnya lebar yang dapat melindungi dari sinar matahari. Dan Allah S.W.T menyembuhkannya dan mengampuninya. Allah S.W.T memberitahunya bahwa kalau bukan karena tasbih yang diucapkannya niscaya ia akan tetap tinggal di perut ikan sampai hari kiamat.
Allah S.W.T berfirman:
"Sesungguhnya Yunus benar-benar salah seorang rasul. (Ingatlah) ketika ia lari ke kapal yang penuh muatan, kemudian ia ikut berundi lalu dia termasuk orang-orang yang kalah dalam undian. Maka ia ditelan oleh ikan besar dalam keadaan tercela. Maka kalau sekiranya ia tidak termasuk orang-orang yang banyak mengingat Allah, niscaya ia akan tetap tinggal di perut ikan itu sampai hari berbangkit. Kemudian Kami lemparkan dia ke daerah yang tandus, sedang ia dalam keadaan sakit. Dan kami tumbuhkan untuk dia sebatang pohon dari jenis labu. Dan Kami utus dia kepada seratus orang atau lebih. Lalu mereka beriman, karena itu Kami anugerahkan kenikmatan hidup kepada mereka hingga waktu yang tertentu." (QS. ash-Shaffat: 139-148)
"Dan (ingatlah kisah) Dzunnun (Yunus), ketika ia pergi dalam keadaan marah, lalu mereka menyangka bahwa Kami tidak akan mempersempitnya (menyulitkannya), maka ia menyeru dalam keadaan yang sangat gelap: 'bahwa tidak ada Tuhan (yang berhak disembah) selain Engkau. Maha Suci Engkau, sesungguhnya aku adalah orang-orang yang zalim.' Maka Kami telah memperkenankan doanya dan menyelamatkannya dari kedukaan. Dan
demikianlah Kami selamatkan orang-orang yang beriman." (QS. al-Anbiya': 87-88)
